A Faculdade de Ciências do Tocantins FACIT, para os efeitos de sua administração, conta com órgãos normativos, consultivos, deliberativos, executivos e suplementares. São órgãos Executivos, Consultivos e Deliberativos da instituição:
1) Colegiado Superior: é o órgão máximo nas áreas didático-pedagógicas na sua instância administrativa referida à Mantida FACIT.
2) Conselho Superior: é um órgão consultivo das atividades didática, pedagógica, científica, administrativa e disciplinar dos cursos.
3) Diretoria-geral: é o órgão executivo superior de coordenação e fiscalização das atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão, bem como dos atos escolares e administrativos.
4) Vice-diretora: representar a diretoria-geral quando houver algum impedimento do mesmo.
5) Coordenação Acadêmica: é exercida pelo Coordenador Acadêmico na instância Didático Pedagógica.
Órgãos de Apoio
Constituem-se órgãos de apoio na estrutura organizacional da FACIT:
I. Núcleo de Apoio Pedagógico – NAP
II. Núcleo de Apoio à Internacionalização – NAI
III. Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos – CEP-FACIT
IV. Comitê de Ética em Pesquisa com Uso de Animais – CEPUA-FACIT
V. Núcleo de Práticas Jurídicas do Curso de Direito da Facit (NPJ)
VI. ADMS CONSULTORIA – Empresa Júnior
VII. Secretaria-geral
VIII. Coordenação Acadêmica
IX. Coordenação do Curso de Bacharelado Administração
X. Coordenação do Curso Tecnológico em Análise e Desenvolvimento de Sistemas
XI. Coordenação do Curso de Bacharelado Odontologia
XII. Coordenação de Pesquisa
XIII. TI e Auxiliar
XIV. Biblioteca
XV. Logística
XVI. Supervisor Geral
XVII. Tesouraria
XVIII. DF – Departamento Financeiro
XIX. COLAPS – Departamento de Bolsas – PROUNI
XX. ASCOM – Marketing
XXI. CIPA-Comissão Interna de Prevenção de Acidentes
XXII. Serviços gerais
XXIII. Segurança (Vigias)
