A Faculdade de Ciências do Tocantins FACIT, para os efeitos de sua administração, conta com órgãos normativos, consultivos, deliberativos, executivos e suplementares. São órgãos Executivos, Consultivos e Deliberativos da instituição:

1) Colegiado Superior: é o órgão máximo nas áreas didático-pedagógicas na sua instância administrativa referida à Mantida FACIT.

2) Conselho Superior: é um órgão consultivo das atividades didática, pedagógica, científica, administrativa e disciplinar dos cursos.

3) Diretoria-geral: é o órgão executivo superior de coordenação e fiscalização das atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão, bem como dos atos escolares e administrativos.

4) Vice-diretora: representar a diretoria-geral quando houver algum impedimento do mesmo.

5) Coordenação Acadêmica: é exercida pelo Coordenador Acadêmico na instância Didático Pedagógica.

Órgãos de Apoio

Constituem-se órgãos de apoio na estrutura organizacional da FACIT:

I. Núcleo de Apoio Pedagógico – NAP

II. Núcleo de Apoio à Internacionalização – NAI

III. Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos – CEP-FACIT

IV. Comitê de Ética em Pesquisa com Uso de Animais – CEPUA-FACIT

V. Núcleo de Práticas Jurídicas do Curso de Direito da Facit (NPJ)

VI. ADMS CONSULTORIA – Empresa Júnior

VII. Secretaria-geral

VIII. Coordenação Acadêmica

IX. Coordenação do Curso de Bacharelado Administração

X. Coordenação do Curso Tecnológico em Análise e Desenvolvimento de Sistemas

XI. Coordenação do Curso de Bacharelado Odontologia

XII. Coordenação de Pesquisa

XIII. TI e Auxiliar

XIV. Biblioteca

XV. Logística

XVI. Supervisor Geral

XVII. Tesouraria

XVIII. DF – Departamento Financeiro

XIX. COLAPS – Departamento de Bolsas – PROUNI

XX. ASCOM – Marketing

XXI. CIPA-Comissão Interna de Prevenção de Acidentes

XXII. Serviços gerais

XXIII. Segurança (Vigias)